Ekorosks faktura består av Ekorosks fasta månadsavgift, behandlingsavgiften för bio- och energiavfallet, samt Ekorosks tömningsavgift för bioavfallet och avfallstransportörens tömningsavgift för energiavfallet för en del kunder. En del avfallstransportörer fakturerar tömningsavgiften själva, i sådana fall framkommer endast den fasta avgiften och behandlingsavgiften på Ekorosks faktura, medan energiavfallets tömningsavgift framkommer på avfallstransportörens faktura. Ekorosk kan inte påverka avfallstransportörernas prissättning av tömningen av energiavfallskärlet.

För bostadsbolag med 5 bostäder eller fler tillkommer också Ekorosks avgifter för tömning och transport av förpackningar av kartong, plast, metall och glas.